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NCBI 竟然能批量下載基因序列!
發(fā)布時(shí)間: 2021-08-21 點(diǎn)擊次數(shù): 6271次第一步:整理排列好基因登入號(hào),NCBI 檢索 nucleotide
第二步:調(diào)整展示界面 Display Settings
第三步:選擇文件發(fā)送內(nèi)容 Send
第四步:合適的打開方式 DNAstar 軟件
下面就給你們演示下:
第一步:每個(gè)基因都有它的 Accession number(基因登入號(hào),好比ID一樣),這個(gè)你們已 經(jīng)拿到手了吧,首先登入 NCBI 網(wǎng)站ncbi.nlm.nih.gov/,在 All Databases 處下拉, 選擇 nucleotide,將基因的 Accession number 都排列在一起,用空格隔開,不要有回車符(怎么快速排列就不多說了,excel 就能實(shí)現(xiàn)),例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:
填好后 Search,然后會(huì)出現(xiàn)這樣一個(gè)界面:
第二步:點(diǎn)擊上面的 Display Settings 下拉標(biāo)記,在 Format 選項(xiàng)中選擇 FASTA,在 Sort by 選項(xiàng)中默認(rèn)選擇 Default order(界面展示順序會(huì)和你輸入的 Accession number 一致):
點(diǎn)擊 Apply,就會(huì)出現(xiàn)下一個(gè)界面:
第三步:點(diǎn)擊右上角的 Send 下拉標(biāo)記,選中 Complete Record 和 File,然后在下面 Format 中選擇 FASTA,Sort by 不變(默認(rèn)),最后點(diǎn)擊 Create File 保存數(shù)據(jù):
第四步:安裝 DNAstar 軟件(經(jīng)常用的序列分析軟件,和 Office 辦公軟件類似,有多款 用途的工具),打開其中的 Editseq 工具,將保存的文件 sequence .fasta 拖進(jìn)來,這時(shí)會(huì)彈出 一個(gè)界面:
點(diǎn)擊 Just Open,就可以直接打開所有下載的基因序列;
如果希望一個(gè)一個(gè)打開,則點(diǎn)擊 OK 先保存基因序列(自動(dòng)以基因的 Accession number 命名),再選擇性打開。
這樣就大功告成啦??墒谦@得了這么多序列可以做什么呢,這個(gè)就看你的目的了,分析酶切位點(diǎn)、設(shè)計(jì)引物、比對(duì)序列、構(gòu)建多表達(dá)克隆、設(shè)計(jì)敲減靶點(diǎn)等等都可以啊!
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