-
【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來(lái)尋找基因信息
發(fā)布時(shí)間: 2021-08-21 點(diǎn)擊次數(shù): 9989次說(shuō)起 Pubmed 我們大家都不陌生,當(dāng)然,找文獻(xiàn)可都靠它呢。不過(guò),這個(gè)美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館的搜索引擎可不止能干這個(gè)。它只是NCBI Entrez整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)系統(tǒng)中的一個(gè)。PubMed 界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接,其他的內(nèi)容還包括:DNA 與蛋白質(zhì)序列,基因圖數(shù)據(jù),3D 蛋白構(gòu)象,人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳在線(xiàn)等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來(lái)查找所需要的基因信息。
如何尋找基因信息
首先,打開(kāi) NCBI 網(wǎng)頁(yè)ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,選擇[gene],輸入您要的基因名稱(chēng)(可簡(jiǎn)寫(xiě)),如 CCR9,搜索。
然后,選擇種屬,如 homosapiens,點(diǎn)擊進(jìn)入所需基因,下拉網(wǎng)頁(yè),在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方
NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號(hào),NM_001256369.1 就是異構(gòu)體B的 mRNA 序列號(hào),而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應(yīng)的氨基酸序列號(hào)。同理, NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體A的mRNA和氨基酸序列號(hào)。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號(hào)染色體短臂(p)2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū)。
點(diǎn)擊進(jìn)入相應(yīng)頁(yè)面就會(huì)出現(xiàn)詳細(xì)的外顯子、編碼序列等信息。
想要知道詳細(xì)信息的話(huà),可以點(diǎn)擊 GenBank
如果你只想獲得序列(例如去設(shè)計(jì) PCR 引物的時(shí)候),那就可以選擇 FASTA,這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件,沒(méi)有其他數(shù)字和格式的干擾。
如何選擇目前*的 mRNA 序號(hào)
在這推薦一個(gè)網(wǎng)站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/
輸入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便會(huì)出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面,點(diǎn)進(jìn)去就能顯示公 認(rèn)的序列號(hào)和 DNA 序列。
這樣參照的序列號(hào)對(duì)了,設(shè)計(jì)引物、基因突變的命名及表述才是對(duì)的,發(fā)文章時(shí)才不會(huì)錯(cuò)。 (基因突變命名也是一個(gè)系統(tǒng),可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻(xiàn))。另外,這一網(wǎng)站 DNA 序列 中也提供了目前文獻(xiàn)報(bào)道的已知的突變位點(diǎn)和 SNP 位點(diǎn)。非常好用。
-
血清系列
-
細(xì)胞轉(zhuǎn)染
-
支原體清除
-
細(xì)胞凍存
-
實(shí)驗(yàn)耗材
-
分子試劑
-
細(xì)胞增殖與凋亡
-
Biozellen系列
-
培養(yǎng)基
-
ELISA試劑盒
-
TOYOBO(東洋紡)
-
ZYMO RESEARCH
-
Greiner(格瑞納)
-
IKA(艾卡)
-
化學(xué)發(fā)光底物(ECL)
-
PROSPEC系列
-
Epigentek系列
-
微生物檢測(cè)
-
細(xì)胞生物學(xué)
-
Corning康寧
-
解離試劑
-
細(xì)胞類(lèi)-實(shí)驗(yàn)耗材
-
原代細(xì)胞
-
植物檢測(cè)系列試劑盒
-
SERANA
-
細(xì)胞系
-
生化試劑盒
-
環(huán)境檢測(cè)系列試劑盒(AKEN)
-
類(lèi)器官培養(yǎng)
-
緩沖器和解決方案
-
生物三凝膠基質(zhì)
-
細(xì)胞因子分子
-
生物樣本庫(kù)