-
【DNA序列查詢】NCBI——序列尋找之旅
發(fā)布時間: 2021-08-21 點擊次數(shù): 6188次Pubmed 也是科研人員常用工具之一,其實 NCBI 的功能不僅僅局限在查文獻上,其他功能由于用的少,只給大家介紹下基因序列的查找,包括全基因組、CCDS、剪接體等等。
① 打開 NCBI 主頁在下拉框里選擇 Gene 選項,輸入基因名稱(p53)
② 搜索結果會有種屬的區(qū)別,要看清你要的種屬(homo)
③ 結果頁的右側是它包含的內(nèi)容,可以直接選擇你要的項,調(diào)到那個位置
④ Genomic regeions,transcripts,and products 這個選項中,是以圖的形式顯示基因序列, 在 tool 中選擇 sequence text view,可以彈出堿基序列
⑤ 在堿基序列中,紅色區(qū)域是外顯子,綠色是內(nèi)含子及基因間序列,鼠標在某個區(qū)域停留,就會顯示該區(qū)的信息。紅色框內(nèi)可以自己試試功能,None 可以不顯示蛋白序列,方便拷出序列。Flip strand、go to position 你們都懂得。
⑥ 你如果覺得自己去把外顯子拼起來得到CDNA序列的話,那你就out了,在NCBI Reference Sequences (RefSeq)這個選中,有 NG、NM、NP 這些你熟悉或者不熟悉的縮寫,mRNA and protein(s)這里面,有剪接體的簡介、剪接體之間的不同,有幾個就會報道幾個,很全。然后,重點是有個CCDS 這個鏈接,點進去
⑦ 把網(wǎng)頁往下翻,你就會看到 CCDS Sequence Data,不同的外顯子用不同的顏色區(qū)別,點擊堿基會用高亮顏色與下面的蛋白序列對應顯示。如果需要設計過表達、QPCR 引物,預測蛋白大小,這些就足夠了。
至于其他的選項的功能,小伙伴們自己去發(fā)掘吧,我也跟著學習。