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    【技術(shù)】酶切、酶切,切還是不切?

    發(fā)布時間: 2021-08-24  點擊次數(shù): 6759次

    酶切,作為一種常用的分子克隆的手段,如果應(yīng)用得當,可謂寶刀屠龍,無往而不利;如果應(yīng)用不當,又會步步維艱。真是讓人歡喜讓人憂愁。酶切,最常見的問題就是切不動和切過了。這些問題比較復(fù)雜。下面,先講一講切不動的問題。


    切不動可能的原因:

    1. 酶不匹配

    解決的方法:如果是雙酶切 A 和 B,預(yù)實驗中必須做 A 和 B 各自的單酶切和 A+B 的雙酶切, 好確認這幾種酶都好用,質(zhì)粒上的切點都好用。

    2. 體系的問題

    解決的方法:酶切盡量用大體系,如 50ul、100ul 等。大體系能稀釋內(nèi)切酶包裝中的甘油,對反應(yīng)有利。

    3. 酶的量太少

    解決的方法:當設(shè)計一個酶切時,限制性內(nèi)切酶的用量是與 DNA 分子的大小和量密切相關(guān)的。根據(jù)每種酶的單位定義,精確計算出所需的限制性內(nèi)切酶的量。不要簡單的套用酶說明書中的“通用酶切方案“,那個通用酶切方案是很多酶切切不動的原因。這里,小編隆重推薦一款酶切利器:3D(Double Digestion Designer)。該軟件的一個主要功能就是根據(jù)不同限制性內(nèi)切酶的單位定義,以及你底物 DNA 分子的大小以及 DNA 的量(ug數(shù))來精確計算出*酶切你的 DNA 底物所需要的酶量,為*酶切提供夯實保證。

    4. 酶失活 

    如果限制性內(nèi)切酶因為保管不當,導(dǎo)致酶失活或部分失活,那么依據(jù) 3D 計算出來的酶量就不能保證*酶切。解決的方法:保管好你的酶。如果過期了,就不要用了。

    5.DNA 的問題 

    如果制備的質(zhì)粒 DNA 的質(zhì)量不好(如細菌培養(yǎng)時間過長,質(zhì)粒制備時裂解不充分或裂解時間過長等),那么對這種質(zhì)粒 DNA 進行酶切時,即使酶活性正常,酶量足夠,也不能實現(xiàn)*酶切,因為其中很多質(zhì)粒 DNA 已經(jīng)變性,不能被切開。


    下面,給大家看一個簡單的實例。 

    如果要用 AcsAB + pSB1C3 對質(zhì)粒 DNA 進行雙酶切,以便進行某基因的克隆。 

    那么,應(yīng)該同時設(shè)計并進行三種酶切反應(yīng):

    A: AcsAB + pSB1C3 雙酶切 

    B: AcsAB 單酶切 

    C: pSB1C3 單酶切 

    在酶切時,A,B,C 三種酶切反應(yīng)都用相同的 buffer 系統(tǒng),相同的 DNA 量(建議至少 0.5ug),所需的酶量用 3D 進行計算。在合適的溫度(37°C)酶切 1~2 個小時,然后進行電泳分析。電泳分析時,添加兩種對照:未酶切的質(zhì)粒 DNA 和分子量標準(Marker)。


    根據(jù)電泳的結(jié)果,就可以知道酶切是否*:


    如果一切正常,*酶切后電泳的條帶分布如下: 

    1.單酶切(B 和 C)應(yīng)該只有一條線性化的 DNA 條帶,其大小與質(zhì)粒的理論長度一致; 

    2.未進行酶切的質(zhì)粒 DNA 應(yīng)該主要是一條超螺旋條帶,其電泳位置應(yīng)該在單酶切產(chǎn)生的線性 DNA 分子的前面。(有的質(zhì)粒會在超螺旋條帶的后面出現(xiàn)線性化條帶和環(huán)狀 DNA 條帶); 

    3.雙酶切的條帶應(yīng)該只有一條帶,而且大小與單切的位置一樣(注意:只有當兩個酶切位點間沒有大片段插入時,才如此。事實上,大部分質(zhì)粒的多克隆位點都是如此)。


    【技術(shù)】酶切、酶切,切還是不切?


    如果出現(xiàn)以下的情況,就表明有問題: 

    1.單酶切后(B 和/或 C),與未酶切的 DNA 樣品(D)的電泳位置一樣(即依然為超螺旋) 

    2.出現(xiàn)線性化質(zhì)粒及超螺旋質(zhì)粒兩條帶。這意味著:AcsAB 和/或 pSB1C3 未能*切開,原因可能是酶部分失活,或者質(zhì)粒的質(zhì)量有問題。此時,即使雙酶切只出現(xiàn)一條線性化 DNA 條帶,也可能在線性化質(zhì)粒中存在大量的單酶切的載體。 用此種載體進行克隆,則在連接時會出現(xiàn)大量的單酶切載體的自連(載體自連的效率較雙片段連接高 10 倍以上),導(dǎo)致大量的自連克隆,很難挑選到有插入的克隆(克隆失?。H绻霈F(xiàn)此種現(xiàn)象,建議不要盲目地做下去。應(yīng)該先停一停,首先逐一查找可能的原因。只有當上述兩種可能的問題都解決了,才能保證*酶切,進而獲得正確的克隆。


    以上是酶切的常規(guī)經(jīng)驗,當然還是會有特例比較難做,因為其中涉及到酶量的計算,Buffer 的選擇,反應(yīng)體積,反應(yīng)條件等多種條件摸索。一旦出現(xiàn)問題,大家需要耐心細致,逐一查找可能的原因。

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